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Fontàs llega a las categorías inferiores del FC Barcelona el verano del 2007, después de formarse en el equipo de su ciudad natal, el Banyoles (1996-2007), y de jugar en el Girona (2007). Antes de subir al primer equipo, forma parte de la plantilla del Juvenil A durante un año y de la del Barça B durante dos temporadas y media, en las que vive el ascenso de Segunda B a Segunda A, con Luis Enrique como técnico.

Andreu Fontàs debutó con el primer equipo el 31 de agosto de 2009, en un Barça-Sporting (3-0) correspondiente a la primera jornada de Liga 2009/10, en la que sustituye a Gerard Piqué en el tramo final de partido.

Andreu Fontàs se incorpora a la dinámica del primer equipo el 16 de marzo de 2011, con 21 años, ocupando el lugar dejado por